Le contrôleur assainissement intervient en amont sur la négociation et la planification d'un projet d'assainissement, dans le cadre de la directive européenne sur l'eau. Il recueille et traite des données afin de contrôler le réseau et les installations de traitement, et peut avoir un rôle de conseil pour le recours à des biotechnologies. Il garantit le respect des normes de rejet dans le milieu naturel.